特种计算机适用的行业非常广泛，这也决定了其小批量、多品种的生产模式。研祥从研发开始就要实现“柔性”工作模式，因为定单最少时只有几十个，所以在研发、生产上必须做到快速反应和调整。在管理创新上，研祥建立了预研—在研—改进的体系。预研部门负责搜集全球同行业的最新动态，包括产品、技术研发的情况，通过调研、收集信息，提出公司产品研发方向和市场预测。在研部门根据公司审核的预研项目进行开发，推出新产品。改进部门根据客户的反馈意见和市场需求，对产品进行更新换代，延长产品寿命。
我国特种计算机行业发展迅猛，但一直缺乏相应的国家标准。为了扭转这种被动局面，研祥从2005年就开始投入了大量的人力物力推进《微型计算机通用规范第3部分：工业应用计算机》国家标准的起草工作。2006年12月21日，全国信息技术标准化技术委员会一致审议通过了研祥提出的标准实施草案。
国家标准只是一个准入门槛，对一家高科技企业来说，只有坚持不断创新才有可能取得大的成就。研祥的知识产权工作为创新成果提供了保障。目前研祥拥有国家级科研成果鉴定十余项，近两百项专利和软件版权，正在申请当中的还有几十项。研祥正在将这些专利技术转化为更多的特种计算机产品。
在技术研发上，研祥投入了年度总销售额10%的资金，其研发人员总数达到1400人，占公司总人数的30%，并不惜重金从国外购买设备。研发上的持续投入也让研祥尝到了甜头。每年研祥都有30%的产品实现更新换代，目前国内超过一半以上的特种计算机新产品都是研祥推出的，全球的特种计算机新品中研祥也占到了20%。
所有的技术创新都有风险，有些企业为此不愿投入。研祥认为，提倡创新活动中允许合理的失败，允许研发人员胆子大一些，并对研发人员开发出的新产品实行阶段性的销售提成制度，新产品销售越多，研发人员的收入就越高。
企业点评
“凭借技术创新和研发实力，研祥在特种计算机领域的多款产品具备国际领先优势并且拥有全球定价权。因此具备核心竞争力的企业不怕金融海啸的冲击。不管经济冬天有多久，‘中国制造’的低成本路线都将成为过去；自主创新，锐意进取‘中国创造’的时代必将到来。”研祥智能科技股份有限公司总工程师 王振俊
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